O trabalho em Mafambisse, Distrito de Dondo, no país de Moçambique (África Oriental), é atendido pela IBC Canguçu em parceria com a Convenção Batista Conservadora. A Igreja no local é pastoreada pelo pastor José Bulande Chinagobe, e está em fase de construção do seu templo sede, possuindo três Congregações. A Igreja ainda executa o projeto chamado “Semear”, que tem por finalidade a expansão do trabalho e assistência social. A Escola Bíblica Dominical faz parte deste projeto, onde as crianças são alimentadas antes de aprenderem a Palavra de Deus.
Segundo o pastor Jorge Gonçalves, ministro presidente da IBC Canguçu: “O trabalho missionário em Moçambique é um trabalho que Deus tem abençoado, e concede à IBC Canguçu uma alegria muito grande em poder contribuir com este país que possui muitas dificuldades materiais e espirituais. Até aqui, Deus, pela sua bondade, tem nos abençoado para sustentá-los, e ainda mais agora com a participação da Convenção Batista Conservadora, iremos ampliar nossas atividades na missão neste tempo do fim.”
Há vários anos a IBC Canguçu possui trabalho missionário no continente africano. O primeiro campo foi aberto em Guiné-Bissau (África Ocidental), com iniciativa do pastor Joel Lopes, que era o ministro responsável na época, e expandiu-se até Moçambique. A Igreja acordou em transferir a responsabilidade do projeto em Guiné Bissau à IBC Salém Panambi, (onde o pastor Joel Lopes foi transferido e empossado no ano de 2020), mantendo, porém, a responsabilidade missionária pelo campo em Moçambique.